Awal berdiri dengan nama SMU Negeri 1 Kayen pada tahun 1990, menempati bangunan milik SLTP Negeri 1 Kayen (sekarang SMP Negeri 1 Kayen). Pada tahun 1991 SMU Negeri 1 Kayen telah berpindah dan menempati gedung milik sendiri. Secara resmi SK Penegerian SMA Negeri 1 Kayen disahkan melalui Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia saat itu Bapak Fuad Hasan, dengan Nomor : 0216/ 0/ 1992 pada tanggal 5 Mei 1992.

Sebagai SMA Negeri di Wilayah Kabupaten Pati bagian selatan, sejak tahun 2016 status SMA Negeri 1 Kayen berada dibawah kewenangan Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Provinsi Jawa Tengah, yang sebelumnya kewenangan berada di Dinas Pendidikan dan Kebudayaan Kabupaten Pati.
* NPSN (20339020)
* Luas Tanah (15860)
* Internet (Telkom Speedy)
* Jumlah Rombel (36 kelas)
* Laboratorium (7 Unit)
* Perpustakaan (1 Unit)